O TRF da 4ª Região reúne-se em Plenário, em Corte Especial, em Seções, em Turmas e em Turma Especial.
Composição do Plenário e Corte Especial
O Plenário, constituído de 27 Desembargadores Federais , e a Corte Especial, constituída por 15 Desembargadores Federais, são presididos pelo Presidente do Tribunal. As quatro Seções do TRF são presididas pelo Desembargador Federal Vice-Presidente (Art. 2º do R.I. TRF-4ª Região) e são especializadas por matéria, em função da natureza da relação jurídica litigiosa:
Composição das Seções
1ª Seção (competência trabalhista e tributária);
2ª Seção (competência administrativa, civil, comercial e demais);
3ª Seção (competência previdenciária);
4ª Seção (competência penal).
Composição das Turmas
As Turmas, compostas por três Desembargadores Federais cada uma, são presididas pelo Desembargador Federal mais antigo dentre seus membros, considerada a antiguidade no Tribunal.
Composição do Conselho Administrativo
Há no Tribunal um Conselho de Administração da Justiça Federal da 4ª Região, composto pelo Presidente, pelo Vice-Presidente, pelo Corregedor-Geral da Justiça Federal da 4ª Região, que são dele membros natos, além de dois Desembargadores Federais efetivos e dois suplentes, escolhidos pelo Tribunal, com mandato de dois anos.